Nel 1736 il vescovo di Cremona Alessandro Litta autorizzò la comunità di Isola Dovarese a istituire un piccolo oratorio in prossimità del Lazzaretto, realizzato in occasione della peste del 1630 in un’area decentrata rispetto al borgo, e fu aperto al culto nel 1752. In origine l’edificio aveva dimensioni molto ridotte rispetto a quello attuale, e probabilmente comprendeva solo il presbiterio e il coro. Nella mappa del Catasto Teresiano del 1774 è segnalato come “lazzaretto dei morti” forse a causa delle sepolture che venivano effettuate nell’area circostante durante le epidemie.
L’oratorio, a una sola navata, fu ampliato nel 1782 e risalgono a questo periodo le decorazioni attribuite al pittore mantovano Giovanni Majocchi detto il Motta e al fratello Francesco. È uno dei luoghi di culto della Diocesi di Cremona in cui si venera la Madonna del Carmelo, poiché nel suo interno è custodita una statua lignea raffigurante la “Madonna nera con bambino” a cui la popolazione era particolarmente devota perché considerata protettrice dei fedeli colpiti dalle epidemie. Venne ancora utilizzato come luogo di separazione degli infetti durante la pandemia di influenza spagnola fra il 1918-20.